益生菌是指肠道菌群中的有益微生物，对宿主健康具有很高的有益潜力；而益生元（大部分）是难以消化的寡糖，通过刺激微生物群的细菌代谢的生长和激活来使宿主受益。然而，在加入食物后，益生菌的生长会减少，因为细菌不在理想的生长条件下。益生菌和益生元可以改变产品的感官特性，将它们微胶囊化有助于减少这些变化。
肉类
乳酸菌的海藻酸盐和果胶微胶囊，以及益生元，如梨仙人掌皮粉和1%苹果渣粉，当它们以5%的比例添加到煮熟的香肠中储存15天时，可增加有益细菌的数量（165-185%），并将病原体的数量减少100%。甚至在发酵产品中研究了含有益生菌的微胶囊，发现微胶囊不会改变产品或发酵过程的感官特性，但能保持细菌的存活能力，并达到消费者的目标。另一个例子是在香肠上添加通过喷雾干燥技术微胶囊化的植物乳杆菌，其中最终计数高于8 log CFU/g，并且微胶囊不影响感官接受。
牛奶
在酸奶中已经表征和实施了最多的功能性产品，因为酸奶是一种典型地呈现乳酸菌理想生长条件的产品，除了其与产品中使用的各种封装技术的兼容性。
微囊化益生菌，如通过喷雾干燥法获得的重组羊奶和菊粉中的双歧杆菌BB-12，与未微囊化的益生菌相比，增加了对病原菌（如大肠杆菌）的拮抗作用，因为微囊化模拟肠道条件。
这种保护作用的部分原因是微囊化过程保持了细菌的存活；例如，在木瓜种子中，鼠李糖乳杆菌在牛奶甜点中的胃肠道模拟条件下21天后仍保持高达43.8%的存活率，乳酸杆菌在酸奶中保持180天的存活率?20°C。
在某些情况下，阿拉伯树胶中干酪乳杆菌Shirota的微囊化甚至会增加储存期间的细菌数量；例如，在布丁中冷藏14天，细菌从8.27 log CFU/g增加到9.16 log CFU/g，在巧克力牛奶中25℃下放置180天，细菌增加到>8 log CFU/g。在纯牛奶中，双歧杆菌BB01细菌在黄原胶和壳聚糖中的包封率在4°C下储存21天内增加了0.5 log CFU/g。在gouda型成熟奶酪中，在环糊精和阿拉伯树胶中微胶囊化后40天内，乳双歧杆菌的计数保持在108 CFU/g，微胶囊还添加了纤维（1%）。
将含有益生菌的微胶囊添加到食物中的一个有趣细节是，它们在食用时不会对小鼠的体重增加、血液学参数和重要器官功能产生不利影响，并在肠道定植时实现其功能。
谷物及其衍生物
与肉类和乳制品一样，微胶囊是面包中添加益生菌和益生元的良好来源。例如，涂有壳聚糖的海藻酸盐和淀粉珠在汉堡面包和白面包中烘焙4天后保持嗜酸乳杆菌和干酪乳杆菌的存活能力，而不会改变产品的感官特性。
水果和果汁
与其他产品一样，微囊化作为益生菌微生物的载体以产生功能性产品。然而，在果汁中，由于低pH值，这一过程可能更加困难，这可能会在储存期间损坏微胶囊或影响其稳定性，从而影响微生物的稳定性。因此，果汁中的保护不同于其他产品。例如，pH值分别为3.28、2.75和3.45的菠萝、覆盆子和橙子等果汁分别以不同比例降解微胶囊，其中覆盆子是减少微胶囊数量和活微生物数量最多的果汁。这些果汁甚至降低了添加它们的产品的pH值。然而，通过将天然提取物（如辣木和绿茶）加入含有微生物的微胶囊中，解决了这个问题。这促进了添加到果汁（猕猴桃、花梨和胡萝卜）和酸奶中的存活率，并通过加入低聚果糖或其他益生元（如菊粉和低聚果糖）提高了微囊的稳定性和微生物的存活率。在其他研究中，果汁和益生菌都加入到微胶囊中，这使其更稳定，并允许开发功能性粉末饮料。除了提供保护和活力外，细菌的微囊化促进了更大的消化（在模拟条件下），并提高了果汁的感官可接受性。
在果汁中加入各种类型的微胶囊可以很好地抵抗巴氏杀菌过程。然而，研究人员开始探索非热处理的效果，如高压。已经观察到，承受高压的细菌更能抵抗压力和存活。如果它们被封装，则这种生存能力可以进一步提高。当添加到柑桔汁中时，其理化性质发生变化；因此，这是微胶囊应用的好机会。发酵过程中益生菌的保护作用在苹果汁中发现，其中植物乳杆菌在海藻酸盐中的包封比未包封处理保持2 log CFU/mL的活力
其他产品
在新产品开发过程中，为了促进更健康的食品消费趋势，已开发出含有微胶囊益生菌（褐藻酸盐中的鼠李糖乳杆菌GG和二氧化硅包覆的褐藻酸钠）的功能性啤酒（酒精含量为5%）