大多数用于开发功能性食品的化合物都涉及添加多不饱和脂肪酸（尤其是欧米茄 6 和 9），它们容易发生氧化反应和/或改变产品的感官特征。脂肪酸在食物中很重要，因为它们与心脏保护作用有关，例如降低低密度脂蛋白（“坏”）胆固醇和增加高密度脂蛋白（“好”）胆固醇，从而减少心脏病发作；在其他一些情况下，它们与癌症预防有关。
肉类
ω-3、-6和-9脂肪酸的微囊化通过减少氧化和延长保质期以及为添加它们的产品提供额外的营养价值来提高其稳定性[37]。证明这一点的是，在鸡块中添加了高含量ω-3脂肪酸的鱼油，如二十碳五烯酸和二十二碳六烯酸。当通过多层乳液技术包封，然后喷雾干燥（150mg酸/100g）时，在感官水平上不再检测到鱼油，并且没有观察到油在未包封时呈现的外观和结构特征的变化；此外，即使这些微胶囊用于预炸产品或冷冻产品[39]，在产品储存期间也不会发生酸败[38]。然而，值得一提的是，向产品中添加更高的脂肪酸含量，即使是微囊化的，也会导致对氧化过程更敏感[40]；因此，考虑封装方法和待封装材料是很重要的。
牛奶及其衍生物
脂肪酸的微胶囊化有助于提高乳制品的营养价值。通过在全脂奶粉中加入3.1%的欧米茄-3微胶囊，其保持稳定的时间更长，与产品所处的包装（金属锡或软塑料）或储存条件（43°C，相对湿度不受控，或34°C，湿度83%）无关。微胶囊也有助于强化乳制品，即使是部分牛奶替代品（30%）。添加含有油酸的微胶囊（1.5g/100g微胶囊）不会改变发酵乳制品的微观结构；尽管由于包含微胶囊的材料类型，它们可以改变其他特性，如最终粘度。
另一个例子是将酪蛋白和麦芽糊精中的微囊化碳酸钙（配方中的1%）掺入酸奶慕斯中，与掺入4.8%菊粉一起，开发出具有与原始产品相似的感官和流变学特性的产品，无微囊，无脂肪减少。
谷物及其衍生物
在面包中加入由壳聚糖和变性淀粉制成的含有5%鱼油（ω-3脂肪酸）的微胶囊不会改变产品的可接受性，因为它增加了硬度（46%）和a*和b*鳞片的颜色（分别为152%和8%）。结果表明，该产品的营养价值增加[44]，并且相对于未包封的油，该产品中氢过氧化物的形成被阻止了高达70%]。除了面包外，还将喷雾干燥法封装在牛奶中的鱼油添加到饼干中，这除了改善营养价值外，还使产品的氧化反应相对于未封装的油减少了40%。面包中的另一个例子涉及将封装在酵母细胞中的亚麻籽油掺入，除了强化面包外，还能防止脂肪酸的氧化。
水果和果汁
还通过将鱼油加入由复合凝聚法制成的微胶囊中研究了用脂肪酸强化果汁，这增加了浊度，但不会使果汁在感官上不可接受。